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Notions de base de fonctionnement d’un service d’anatomie pathologique


L’anatomie et cytologie pathologiques (ACP) : C'est un acte médical effectué par un médecin spécialiste en anatomie et cytologie pathologiques.
L'examen anatomopathologique de matériel d'exérèse inclut l'examen macroscopique avec ou sans photographie, l'échantillonnage, la fixation, l'inclusion, la préparation microscopique avec une coloration standard à base d'hémalun ou d'hématoxyline et d'éosine ou de phloxine avec ou sans safran, avec ou sans photographie, l'interprétation, les éventuels réexamens aux divers stades de réalisation, le compte rendu et le codage de la lésion."
 
C'est un examen diagnostique, basé sur l’observation morphologique, notamment au microscope. Il s’appuie sur des techniques, standards ou spéciales, macroscopiques, histopathologiques, histochimiques, immunohistochimiques ou moléculaires. Il porte sur des cellules, tissus, organes ou leurs dérivés, prélevés chez les patients dans un but diagnostique de maladie ou de dépistage (prélèvements cytologiques ou biopsiques), thérapeutique (biopsies exérèses ou pièces opératoires) ou de suivi particulier. Il est aussi pronostique via le recueil des éléments clés de la réalisation de grades ou scores ; prédictif et à impact thérapeutique (théranostic, médecine personnalisée, parcours personnalisé de soin). Il est formalisé par un compte rendu textuel transmis aux médecins en charge du patient dans le cadre du soin.
Le diagnostic ACP : Il est fondé sur la présence ou l’absence d’anomalies tissulaires ou cellulaires, macroscopiques ou microscopiques, par rapport à la normale ; synthétique, il intègre les éléments de la clinique (examen clinique, traitements en cours, antériorité, facteurs de risque, suivi…), les résultats des examens biologiques, d’imagerie et des tests fonctionnels. Le diagnostic s’étend à la nature, à la cause de(s) la maladie(s) d’un patient ; il est fondamental pour le diagnostic des tumeurs et incontournable dans la prise en charge thérapeutique personnalisée et le traitement ciblé des cancers ou de certaines maladies non cancéreuses.
L’éventail des diagnostics ACP comporte, outre le cancer, celui des maladies de cause inflammatoire ou dégénérative, vasculaire, métabolique ou infectieuse, ainsi que des malformations (foetopathologie).
Les étapes d'un examen ACP : elles sont importantes et conformes aux bonnes pratiques recommandées par l’AFAQAP5.
Transport, réception et enregistrement
Le prélèvement, effectué par le préleveur demandeur, parvient à la structure (hôpital ou est apporté par le patient au cabinet d’ACP), ou bien, la structure (le plus souvent libérale dans ce cas) à la charge de la collecte des prélèvements auprès des centres de soins. Ce prélèvement est accompagné d’une feuille de demande d’examen, qui est renseignée par le médecin demandeur et comporte les renseignements d’identité et de contexte nécessaires à la bonne réalisation de l’examen d'ACP. L’étape administrative d’enregistrement est importante et collige : identité, numéro d’examen et inventaire de prélèvements reçus. L’enregistrement est informatisé dans le système de gestion de laboratoire.
Étapes techniques et médicales
La technique consiste à préparer les cellules ou fragments de tissus, à les traiter et à les rendre observables au microscope par création de préparations colorées sur des lames de verre. Les pièces opératoires (organe complet ou partie) sont fixées, disséquées, décrites, mesurées, échantillonnées selon des protocoles spécifiques (étape médicale importante de la macroscopie).
Les fragments de tissus sont transformés par des manipulations longues (de plusieurs heures ou plusieurs jours), aboutissent à la création de blocs en paraffine dans lesquels les tissus sont inclus. On en produit ensuite des coupes microscopiques sur lames qui sont alors colorées, et prêtes à être observées au microscope.
Certains examens sont simples d'autres très complexes, nécessitent le recours à des protocoles et techniques sophistiqués. Les examens réceptionnés par une structure sont de fait hétérogènes en contrainte, typologie et objectif de délais. Il y a peu ou pas d’automatisation de la prise en charge. Des automates remplacent les gestes du technicien à quelques étapes du processus. Les organisations médicales et techniques sont intriquées, raisonnées, adaptées et contrôlées par le ou les médecins responsables de la structure (projet médical).
Techniques complémentaires : le pathologiste peut compléter son examen par des préparations supplémentaires, recoupes, réinclusions, ou techniques spéciales (histochimie, histoenzymologie, immunohistochimie, cytogénétique et biologie moléculaire), selon des protocoles validés et contrôlés.
L’indication et la réalisation de ces techniques sont sous l’autorité du pathologiste ; elles permettent d’identifier la présence ou non de certains éléments in situ (dépôts, corps étrangers, constituants chimiques, protéines, agents infectieux, protéines cytoplasmiques, nucléaires ou membranaires). La visualisation est possible par marquage fluorescent ou chromogénique, après réactions immunologiques, chimiques ou d’hybridation.
Les examens moléculaires : ils ont débuté il y a une quarantaine d’années en néphro-pathologie avec l’immunofluorescence sur coupes histologiques en congélationn très grand essor depuis les années 90 avec l’immuno-peroxydase sur coupes histologiques pour affiner les diagnostics en pathologie tumorale ou infectieuse, puis s’est élargi ces dix dernières années aux techniques de biologie moléculaire sur extraits cellulaires ou tissulaires.
Les cibles sont les protéines, les acides nucléiques (ADN et ARN) et les métabolites aux moyens d’outils variés comme l’immunohistochimie (IHC), l’immuno-cytochimie (ICC), l’hybridation in situ (par méthodes FISH, SISH ou CISH) qui sont toutes des techniques morphologiques, ou comme la PCR, la RT-PCR, les puces pour analyses ARN à haut débit, les techniques de spectrométries, etc., non morphologiques.
Système de gestion de laboratoire : Toutes les étapes du parcours d’un examen sont gérées, du début de la filière à la création du CRH, par les systèmes de gestion de laboratoire (SGL) spécifiques à la spécialité, qui sont aussi le support de l’archivage et du dossier patient ACP. Le SGL est l’ossature du fonctionnement et sert d’archivage des dossiers patients, des comptes rendus et de la trace des actions techniques, ainsi que du répertoire des inventaires de lames et blocs.
Des images numériques peuvent être acquises lors de la macroscopie ou des étapes ultérieures de microscopie ; elles sont indexées et sauvegardées dans le SGL ou dans un système en lien, dit Système de Gestion d’Image.
Le CRH : les éléments clés de l’observation sont décrits et reportés dans un compte-rendu textuel : critères séméiologiques, macroscopiques ou microscopiques, quel que soit le support d’observation (lames objet ou image) ; les synthèses syndromique et lésionnelle sont la base du diagnostic ou non de maladie, auxquels seront adjoints et intégrés les constatations et résultats des techniques complémentaires utiles et nécessaires. Le CRH est envoyé aux médecins prescripteurs.
Actuellement, le compte rendu textuel est réalisé selon les recommandations de la spécialité et édité selon des formats plus ou moins complexes.
Catalogue des prélèvements examinés en ACP, examens urgents et délais de réponse
Les prélèvements pour cytopathologie : liquides, frottis étalés sur lame ou mis en suspension dans une solution de conservation (phase liquide). Il s’agit de liquides naturels ou d’épanchements des séreuses, d’écoulements de cellules récupérées par brossage, grattage, écouvillonnage, aspiration, ponction ou lavage. La technique peut nécessiter des équipements particuliers (cytocentrifugeuse, automates pour préparer les étalements en phase liquide).
A partir des liquides, les culots de centrifugation peuvent être inclus en paraffine et étudiés avec les techniques des tissus.
Les prélèvements pour examen histopathologique : biopsies, curetage, résections endoscopiques et aspirations, matériels d’expulsion spontanée, biopsies, biopsies exérèses, échantillons de pièces opératoires ou d’amputation après chirurgie complète ou partielle.
Les prélèvements sont, soit étudiés en totalité (biopsies ou protocoles particuliers pour certains organes in toto), soit disséqués, les échantillons étant répertoriés (macroscopie) puis inclus en blocs de paraffine. Certaines demandes imposent un travail cartographique lésionnel particulier portant sur de multiples biopsies.
Les dérivés des tissus ou cellules, disponibles pour les tests impliquant des techniques moléculaires, comportent les produits d’extraction à partir de tissus congelés ou en paraffine d’ARN ou ADN, indexés et répertoriés, validés par le médecin pathologiste.
L’examen extemporané : pris en charge, techniqué, et répondu en per-opératoire, à la demande d’un chirurgien au bloc opératoire : pour donner une orientation, confirmation diagnostique ou évaluer la qualité de l’exérèse ou de la biopsie diagnostique, pour modifier éventuellement le geste opératoire. Le délai de réponse doit être le plus bref possible – 20 à 30 minutes, obligeant le pathologiste à utiliser des techniques adaptées – (examen histologique par des coupes à congélation, parfois des appositions, des colorations rapides et simples). Les conditions de l’examen ne permettent pas toujours une grande précision diagnostique. La confirmation diagnostique par technique conventionnelle est obligatoire.
Le respect des indications des demandes d’examen extemporané doit être strict ; en secteur libéral, il suppose le déplacement du pathologiste vers la structure de soins et les blocs opératoires, et des équipements appropriés délocalisés.
Examens avec réponse dans les 3 à 24 heures, de la réception à la validation du CRH : examens usuels, cytologiques ou biopsiques, avec prise en charge accélérée et spécifique pour un rendu diagnostic urgent en raison du contexte clinique, de réanimation, ou d’urgence de décision thérapeutique (insuffisances hépatique ou rénale aiguës par exemple), voire les parcours rapides. Les techniques avec des cycles courts pour les petits échantillons permettent une réponse dans les 3 à 24 heures selon les cas. Les indications en sont des tumeurs très évolutives et les urgences de prise de décision pour les RCP, les surveillances de greffons et les maladies inflammatoires aiguës et graves.
Les examens d’organes lors de prélèvements pour greffe pour la validation de la qualité des greffons pour transplantation ou vérification de contre-indications à l’utilisation des organes en font également partie.
Les délais de réponse optimum des examens : ils sont de la réception à la validation du CRH (en tenant compte des contraintes d’ouverture des structures et des jours ouvrables), hors techniques spéciales complexes et procédures de décalcification par exemple :
− Examen cytologique : moins de 3 jours (hors frottis cervico-utérin)
− Biopsie et assimilée : moins de 5 jours
− Pièce opératoire : moins de 10 jours selon la complexité de l’examen.
Ces délais sont de plus en plus contraints : par des séjours courts dans les établissements et des parcours de soins programmés stricts ; et aussi par la difficulté de l’organisation induite par la prise en charge des pièces opératoires complexes et les recours à des techniques complémentaires.
Certains examens peuvent être considérés comme prioritaires ou urgents selon le contexte clinique.
L’autopsie médicale et les actes de foetopathologie : pour rechercher la cause du décès, la gravité d’une maladie ou une complication, à la demande d’un médecin soignant selon les autorisations légales. Elle est à différencier de l’autopsie médico-légale (judiciaire, réquisition faite par le juge, conditions médico-judiciaires et procédure de réquisition par le tribunal), qui est réalisée par des médecins légistes qui ne sont pas nécessairement pathologistes, dans le but de rechercher une cause de mort non naturelle. Les pathologistes sont amenés à réaliser des autopsies scientifiques dans le cadre de la recherche (ex. : don de cerveau).
La microscopie électronique conserve encore de rares indications, pour le diagnostic des maladies de surcharge ou de dépôts.
 
Ressources humaines, locaux et équipements des structures d’ACP :Le nombre d’examens et la complexité des divers temps techniques peu automatisés impliquent des équipes de personnel par structure adéquate et en étroite collaboration médicale et technique. L'entité comprend le personnel d’encadrement, les techniciens de laboratoire médical, les agents ou les aides de laboratoire, les coursiers et les secrétaires. Le ou les médecins spécialistes anatomopathologistes ont toute la responsabilité de l’examen, de l’enregistrement au compte rendu. L’activité d’ACP nécessite des locaux qui doivent garantir une bonne gestion des différentes étapes techniques et la sécurité des agents (prise en compte des risques du métier) ; des sections de laboratoire doivent être adaptées aux différentes techniques et à l’installation des équipements qu'ils soient standards ou spécifiques.
Les équipements et locaux / paillasses particuliers sont : ventilation et protection contre les risques chimiques et biologiques ; postes de macroscopie, postes d’imprégnation et inclusion (automates sous vides et ventilés, plateforme d’inclusion manuelle), postes de coupes avec microtomes, colorateurs, étuves, hottes, colleuses de lamelles, automates d’immunohistochimie, appareils pour l’hybridation, cryostats. Les tumorothèques nécessitent des congélateurs à -85°C et du petit équipement de préservation de la chaine du froid.
Les postes de médecins disposent de microscopes et selon les structures, de postes de cytologie et de contrôle de technique.
Tous les postes de la réception au secrétariat sont en lien et communiquent le plus souvent par le SGL. L’activité ou la facturation est gérée par le SGL. Selon les modes d’exercice, les structures d’ACP peuvent avoir des implications avec d’autres professionnels : comptables, fournisseurs et industriels, directions et institutionnels.
Les établissements de santé autorisés en cancérologie doivent répondre aux critères d'agrément pour les prélèvements.
Une organisation, permettant de réaliser des examens extemporanés sur place ou de manière délocalisée, doit être prévue par convention.
L’établissement dispose d’un accès à une tumorothèque, régie par une convention selon les préconisations de l’INCa. La mise en place de ces aménagements doit être supportée par l’établissement de santé autorisé en cancérologie et ne doit pas faire l’objet d’une délégation complète aux partenaires ACP de l’établissement incluant l’intégralité des coûts financiers.
Cadre réglementaire de l’ACP. Les dispositions juridiques relatives à l’ACP ont été historiquement rattachées aux dispositions du Code de la Santé Publique traitant de la biologie médicale. L’Ordonnance du 13 janvier 2010 relative à la biologie médicale, ne permet pas de distinguer les actes de biologie médicale de ceux d’ACP.
Les diverses contraintes réglementaires, dont celles sur les risques bactériologiques et chimiques (concernant notamment leformol, composé organique utilisé par les professionnels d’ACP comme fixateur et classé cancérogène, mutagène et reprotoxique - CMR 1) constituent une véritable fragilité pour la spécialité d'ACP.
Il apparaît indispensable de prévoir un cadre juridique adapté à l’ACP et dissocié de la biologie, en spécifiant strictement les contours de la spécialité d’ACP dans le cadre de la rédaction des futurs textes préconisés dans ce rapport, afin de distinguer de façon claire les deux disciplines. L’activité d’ACP ne devra plus être considérée comme un sous-ensemble de l’activité de biologie médicale.


Documents de pathologie humaine du service d’anatomie pathologique du CFB de Caen et du CHPC de Cherbourg. L ’UTILISATION DES INFORMATIONS FOURNIES SE FAIT SOUS L’UNIQUE RESPONSABILITE DE L’UTILISATEUR. Les concepteurs et réalisateurs de cette base ne sauraient en aucun cas être tenus pour responsables des conséquences d’une utilisation non contrôlée des informations fournies.

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